Ocuparea Basarabiei, a Bucovinei de Nord și a Ținutului Herța de către Rusia sovietică, în iunie 1940, i-a lăsat pe oamenii dintre Prut și Nistru pradă uneia dintre cele mai crunte dictaturi din istorie. Imediat după intrarea rușilor în Basarabia, bolșevicii au început să terorizeze populaţia. Cei care ocupaseră diferite funcții în administrația românească au fost arestați. Proprietarii fabricilor și ai magazinelor au fost încarceraţi, torturați sau împușcați. Intelectualii satelor, în special învățătorii, profesorii sau preoții au fost arestați sau deportați, iar asupra țăranilor au început presiunile pentru a se înscrie în colhozuri.
Primul val de deportări a avut loc în iunie 1941. Rușii au planificat deportarea a 5 000 familii din Basarabia, care însumau aproape 30 000 oameni. Alte mii de familii au fost deportate individual. În 7 iunie 1941, NKVD-ul, precursorul KGB-ului, a cerut Sovietului Suprem să îi pună la dispoziție 1 315 vagoane de vite pentru deportarea basarabenilor.
Operațiunea de deportare a început în noaptea de 12 spre 13 iunie 1941, în toiul nopţii, la ora 02:30. Echipele NKVD mergeau prin sate, băteau în ușile şi geamurile oamenilor și le spuneau că au 15 minute să se pregătească. Fiecare deportat avea voie să își ia cu el maximum 10 kilograme de efecte personale. Oamenii erau apoi încărcați în camioane și în căruțe, apoi erau duși în gări. Acolo, capii de familie și tinerii de peste 18 ani erau separați de femei, copii și bătrâni.
În fiecare vagon au fost înghesuiți între 70 și 100 oameni. Fiecare deportat primea zilnic doar 200 de grame de apă, pentru băut și pentru igiena personală, iar oamenii erau hrăniţi cu peşte sărat. Ei au călătorit în astfel de condiţii, pe o căldură infernală, timp de două – trei săptămâni. La fiecare oprire, din vagoane erau scoase trupurile celor care muriseră din cauza condițiilor inumane. Bărbații în putere erau deportați în lagăre de muncă forțată, faimosul Gulag, unde erau supuși unui regim de exterminare a cărui duritate poate fi comparată cu cea din lagărele naziste. Mulți basarabeni au ajuns să muncească în minele din Munții Ural, unde mai mult de 80 la sută dintre ei au pierit.
Familiile deportaților au fost răspândite prin toată Asia sovietică. Unele dintre ele au ajuns în lagărele de la Marea Albă, altele în Siberia, iar unele în stepele din Kazahstan. Un amănunt istoric este faptul că deportările din noaptea de 12 spre 13 iunie 1941 nu erau decât un prim episod din planul sovietic referitor la Basarabia. Aceste deportări au fost amânate de faptul că, în iunie 1941, România a intrat în război împotriva Rusiei Sovietice pentru a elibera Basarabia. Însă ruşii au reluat deportările în 1949 și în 1951.
